Zabalzamované srdce Jána Pálffyho, ktoré je uložené v striebornej kazete v tvare srdca už niekoľko storočí, patrí medzi historické zaujímavosti, ktoré môžu Malacky ponúknuť svojim návštevníkom. Zvedavci však srdce už nenájdu na pôvodnom mieste, teda v jednej z krýpt. Kvôli bezpečnosti ho premiestnili do farského trezoru a dá sa vidieť len na požiadanie miestneho farára. Pôvodne bolo v kryptách uschované aj srdce Jánovho otca Pavla Pálffyho, ktorému sa pripisovala zvláštna moc. Vždy pred vojnou začalo krvácať. Počas prvej svetovej vojny sa však záhadne stratilo.